すばらしいモノを提供していただきまして、本当にありがとうございます。
現在、レンタルサーバー＋ショッピングカート付きをレンタルしているのですが、
ネットショップ機能をEC-CUBEに変更したいのですが、そのまま利用してお客様からお金を頂いてもよろしいのでしょうか？
またロゴなどを当社のロゴと変更してもよろしいでしょうか？
よろしくお願いいたします。

GPLライセンス（GNU 一般公衆利用許諾契約書)
http://www.fsf.org/licenses/
http://www.opensource.jp/gpl/gpl.ja.html

上記ライセンスに準拠していれば問題なしです。