こんにちは。
表題の件について質問させていただきます。
ご存じの方がいらっしゃいましたら何卒ご教授いただきたく、よろしくお願い申し上げます。

ダウンロード販売を行う際のファイルアップロードですが、該当サーバーのHDD容量に限界があり、可能であれば別のサーバーにアップしたファイルをダウンロード商品として参照したいと思います。

調べてみたのですがどうしてもわからないので、ご存じの方がいらっしゃいましたら教えていただけないでしょうか。

何卒、よろしくお願い申し上げます。

別サーバ、となると

・NFS等の共有ストレージを用意
・AWSのS3などのクラウドストレージを用意

あたりでしょうか？
前者はアプリのカスタマイズが少なく、サーバ構成にコストがかかります。
後者はアプリのカスタマイズが大きく、サーバ構成等は楽です。

どちらもエンジニアでなければなかなか大変だと思います。

EC-CUBEのダウンロード機能やサーバー構成を拡張するというよりは、
１．FTPなどで別サーバーにファイルをアップ
２．上記ファイルへのリンクをマイページの購入履歴に表示
などではどうでしょうか？

これなら、大掛かりなカスタマイズやサーバー構成ではなく、
・商品マスターへテキストボックス追加
（必要に応じてDL用のパスワードも追加）
・マイページへ登録したテキスト（DLリンク）を表示
くらいのカスタマイズで実現できるのではないかと思いますが。