EC-Cubeの導入を検討しているのですが、以下のような事が可能なのかをお伺いしたいです。

◎ある商品の取扱い店舗ごとに、定型フォーマットの独自販売サイトの構築（CMS機能）
◎そこからお客様は購入・決済（決済・受注処理・配送はメーカー直）（カート機能）
◎各店舗ごとに自分の管理画面を持つ事ができ、日々の売り上げなどの管理ができる
◎店舗の数は約3000件
◎メーカーは全部の売り上げデータを見て、各店舗ごとの売り上げ管理、マージン支払い

です。
メーカー一括の管理と、各店舗ごとの管理の２つの管理が発生します。

標準、もしくはプラグインなどで充分に対応可能であればコストを抑えて構築できますが、
何か不得意な部分があった場合は、フルスクラッチも想定しております。

何かご意見をいただけたらと思います。
よろしくお願いいたします。

モール型でしょうか？

EC-CUBEの標準機能では実現できませんので、かなりのカスタマイズが必要になるかと思います。

EC-CUBEベースにモール型を実現したパッケージをお持ちのインテグレートパートナー様もおられたと思いますので、いちどお調べ頂いてはいかがでしょうか？

店舗数も多いようですし、サーバー構成も含めてフルスクラッチも比較・ご検討頂くのは正解かと思います。