どうにもならずに投稿させていただきました。
さくらインターネットでECCUBEを構築しており、初期ドメインにて構築していました。

独自ドメインを紐付けようと、ドメインのネームサーバーをさくらのサーバーに割り当てたところ管理画面にアクセスできなくなりました。

いろいろ調べるとconfig.phpを独自ドメインに割り当てる必要があるとのことで、2行目と3行目を独自ドメインに変更しました。

システムエラーとなり、アクセス出来ない状況です。

一度さくらのサーバー設定を独自ドメイン設定を解除してみましたが、システムエラーのままです。

ECCUBEのバージョンは最新です。
どなたかご教授何卒お願いいたします。

自己解決できました！

DBユーザーパスワードを見直して再度congi.phpを設定しなおして正常に動くようになりました。