商品をクレジットカードにて購入時に、
注文受付メールが1通届き、
５分ぐらいした後にまた１通届き、
また１０分ぐらいするともう1通届き、
3通届きます。

なぜこのような現象が起起こるか、不思議です。

可能性などありましたら、ご教授いただければと思います。

大変恐縮ですがよろしくお願いいたします。

テストを行うメールアドレスがショップに登録されているメールアドレスと同じアドレスの場合
1通目：ユーザー
2通目：管理者
3通目：クレジット会社からユーザー
に届くと思います。

今のところ考えられるのが上記の場合ですがどうでしょうか？

ご返信ありがとうございます。
テストを行うメールアドレスは、まったく別のものを利用しています。

銀行振込では正しく1通のみ届きますが、
クレジットカードのみ３通届きます。

なお、クレジット決済では
F-REGI決済モジュール 2.2.2
を利用しております。

ではF-REGIのモジュール内の問題と思いますので、制作会社様へ問い合わせするのがよろしいかと思います。

ありがとうございました。
問い合わせしてみます。

プラグインの販売会社に問い合わせたところ、

http://****.jp/user_data/fregi_cmplete.php

がBOM付きのファイルになっているので、
これをBOMなしに変更すれば良いとのことでしたが、
いじるファイルの格納場所が分かりません。

大変恐縮ですが、ご教授お願いします。

そのまま
html/user_data/fregi_cmplete.php
にあると思います。