初めまして。
詳しい方、以下ご教授よろしくお願いします。

私たちのサイトでは25?までが同一金額で25?超えるとまた再び同一金額の送料が2口かけれるようにしたいです。

要は、55?の商品を買うと送料が3口かかるように設定したい場合は
『配送方法設定拡張プラグイン』を組み込めばよろしいのでしょうか。
クール便の発送料金もこのモジュールだけで出来るのでしょうか？

また、ほかのおすすめのプラグインがあれば教えていただきたいです。

プラグインの製作者の方へ問い合わせを行った方が詳しい事はわかると思います。