こんにちわ　今、複数店舗の商品を購入した場合、代引き手数料は1店舗（配送業者）分しか請求されないという状態になっています。例えば通販サイトで米1キロと魚の塩焼きをそれぞれ1つずつ買ったとします　ですが米と魚は配送業者がそれぞれ違います　なので注文の際手数料が二倍にならないといけないのにその設定方法がわかりません　このままでは片方が損してしまいます

EC CUBEのプラグイン等や関数設定でそれを複数にすることは可能なのでしょうか？　どなたか回答お願いします。

関数設定の意味は分かりませんが、カスタマイズすれば可能です。

多分商品に対して店舗のID的なものを持ってると思うので、そのIDをSC_CartSessionのcalculateで処理を追加してあげればできると思います。