公式から、ZIPをダウンロードして、EC-Cube3をインストールしました。
http://www.ec-cube.net/download/

[環境]
CentOS 6.4
PHP 5.5.22
MySQL 5.6.23


install.phpを叩いてインストールを実行しました。
/install.php/step5 でデータベース初期化を実行中に、
以下エラーが表示されてその後すぐに/install.php/completeページにリダイレクトされます。
-------------------------------
( ! ) Warning: ini_set(): A session is active. You cannot change the session module's ini settings at this time in /share/app/webroot_eccube3/ec-cube/vendor/symfony/http-foundation/Session/Storage/Handler/NativeFileSessionHandler.php on line 56
Call Stack
-------------------------------


/install.php/complete に、インストールが完了しました！と表示されるので
管理画面ログインを試してみましたが、ユーザー名とパスワードを入力しても、
同じログイン画面に戻り、次ページヘ遷移されません。
また、エラー等のメッセージも画面に表示されません。

こちらでも原因を調査中ですが、今のところ検討が付きません。
ご教示頂けたら幸いです。

ご返信ありがとうございます。

php.ini を修正して、apache再起動、再インストールを試してみましたが、
まだ同じエラーが出て、ログインが出来ませんでした。

/etc/php.ini
session.use_trans_sid = 0
↓
session.use_trans_sid = 1


他に怪しい箇所などありましたら
ご教示いただけると助かります。

session.auto_start は 0になってますか？
あとEC-CUBEのバージョンはいくつでしょう？


追記
ちょっと調べてみましたが、php.iniの設定に関係なくそのwarning出てますね
なので、ログインできない権とは無関係な気がします

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EC-CUBEのカスタマイズ、トラブル解決承ります
お気軽にお問い合わせ下さい
https://www.ec-cube.net/integrate/partner/partner.php?partner_id=690

>session.auto_start は 0になってますか？
はい、なっておりました。


>あとEC-CUBEのバージョンはいくつでしょう？
3.0.2 です。


ログを見ても関係しそうなエラーなどは特に出力されていないようです。

自分の環境で再現できないのでissue登録しておきました
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/640

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私も同様のエラーに悩まされています。
管理画面に指定したフォルダは作成されていません。

環境は以下のとおりです。

EC-CUBE 3.0.3
CENTOS 6.6 x64
Apache 2.2.15-45.el6.centos.i686
PHP5.6.12
MYSQL 5.1.73-5.el6_6.i686

httpd/error_log 内容

PHP Warning: ini_set(): A session is active. You cannot change the session module's ini settings at this time in /var/www/html/vendor/symfony/http-foundation/Session/Storage/Handler/NativeFileSessionHandler.php on line 56, referer: http://cvl-eccube1/html/install.php/step5

IEもしくはEdgeだとログイン出来ないという情報があるのでFirefoxかChromeで試してみるとどうでしょう？

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色々と調べてみた結果、私のケースでは原因が分かりました。
サーバー環境の設定ミスでした。。。


昔から使っているvagrant環境をそのまま流用していたのですが
Vagrantfileで、owner/groupを vagrant として、
synced_folderの設定をしていました。
-------------------------------------------------------
config.vm.synced_folder "../", "/share",
create: true,
owner: 'vagrant',
group: 'vagrant',
mount_options: ['dmode=777,fmode=777']
-------------------------------------------------------

apache では、
user/group が デフォルトの apacheになっていました。

apacheのuser/groupを vagrant にしてみたら
管理画面にログインできるようになりました。

御世話になっております。

IE, Chrome共試しましたが現状は同じでした。

htmlフォルダに指定した管理者フォルダが作成されていないので、パーミッションの問題なのかとも考えていますが、小職Linuxには疎く・・・

---
-rw-r--r--. 1 apache apache 17987 8月 19 13:15 2015 COPYING
drwxrwxrwx. 7 apache apache 4096 8月 19 13:15 2015 app
-rw-r--r--. 1 apache apache 718 8月 19 13:15 2015 autoload.php
-rw-r--r--. 1 apache apache 1017 8月 19 13:15 2015 cli-config.php
-rw-r--r--. 1 apache apache 1992 8月 19 13:15 2015 composer.json
-rw-r--r--. 1 apache apache 150158 8月 19 13:15 2015 composer.lock
-rwxr-xr-x. 1 root root 1117975 8月 20 11:22 2015 composer.phar
drwxr-xr-x. 2 apache apache 4096 8月 19 13:15 2015 docs
-rwxr-xr-x. 1 apache apache 6995 8月 20 11:20 2015 eccube_install.sh
drwxrwxrwx. 6 apache apache 4096 8月 19 13:15 2015 html
-rw-r--r--. 1 apache apache 915 8月 19 13:15 2015 phpunit.xml.dist
drwxr-xr-x. 4 apache apache 4096 8月 19 13:15 2015 src
drwxr-xr-x. 3 apache apache 4096 8月 19 13:15 2015 tests
drwxr-xr-x. 25 apache apache 4096 8月 20 11:22 2015 vendor
[root@cvl-eccube1 html]# ps -ef|grep httpd
root 13261 1 0 Aug19 ? 00:00:02 /usr/sbin/httpd
apache 13263 13261 0 Aug19 ? 00:00:00 /usr/sbin/httpd
apache 13264 13261 0 Aug19 ? 00:00:01 /usr/sbin/httpd
apache 13265 13261 0 Aug19 ? 00:00:04 /usr/sbin/httpd
apache 13266 13261 0 Aug19 ? 00:00:00 /usr/sbin/httpd
apache 13267 13261 0 Aug19 ? 00:00:00 /usr/sbin/httpd
apache 13268 13261 0 Aug19 ? 00:00:00 /usr/sbin/httpd
apache 13269 13261 0 Aug19 ? 00:00:00 /usr/sbin/httpd
apache 13270 13261 0 Aug19 ? 00:00:00 /usr/sbin/httpd
apache 13343 13261 0 Aug19 ? 00:00:00 /usr/sbin/httpd
apache 13604 13261 0 10:08 ? 00:00:00 /usr/sbin/httpd
root 14228 13568 0 14:43 pts/0 00:00:00 grep httpd