EC-CUBE3.0.7 で不具合が多く
希望するものが 3.0.8 で改善されてそうなので

http://ec-cube.github.io/update.html

に従いアップグレードを試みました

（内容）
以下のディレクトリを上書きする
src/
html/
vendor/
http://インストール先/install.php/migrationにアクセスしマイグレーションを実行
html/install.phpを削除


そもそも migration にアクセスしても 500エラーでした。
ログは下記でした　対処方法教えて頂けませんでしょうか

nginx/1.4.6 (Ubuntu)
PHP 5.5.30-1+deb.sury.org~precise+1
mysql Ver 14.14 Distrib 5.5.46

#1 /var/www/aaa.bbb.com/vendor/doctrine/common/lib/Doctrine/Common/Proxy/AbstractProxyFactory.php(220): Doctrine\Common\Proxy\ProxyGenerator->generateProxyClass(Object(Doctrine\ORM\Mapping\ClassMetadata), '/var/www/store....')
#2 /var/www/aaa.bbb.com/vendor/doctrine/common/lib/Doctrine/Common/Proxy/AbstractProxyFactory.php(119): Doctrine\Common\Proxy\AbstractProxyFactory->getProxyDefinition('Eccube\\Entity\\P...')" while reading response header from upstream, client: 60.97.62.5, server: aaa.bbb.com, request: "GET /index.php/migration HTTP/1.1", upstream: "fastcgi://unix:/var/run/php5-fpm.sock:", host: "aaa.bbb.com"
2016/01/31 22:10:50 [error] 20790#0: *2 FastCGI sent in stderr: "PHP message: PHP Fatal error: Uncaught exception 'Doctrine\Common\Proxy\Exception\UnexpectedValueException' with message 'Your proxy directory "/var/www/aaa.bbb.com/src/Eccube/../../app/cache/doctrine" must be writable' in /var/www/aaa.bbb.com/vendor/doctrine/common/lib/Doctrine/Common/Proxy/Exception/UnexpectedValueException.php:40
Stack trace:
#0 /var/www/aaa.bbb.com/vendor/doctrine/common/lib/Doctrine/Common/Proxy/ProxyGenerator.php(299): Doctrine\Common\Proxy\Exception\UnexpectedValueException::proxyDirectoryNotWritable('/var/www/store....')
#1 /var/www/aaa.bbb.com/vendor/doctrine/common/lib/Doctrine/Common/Proxy/AbstractProxyFactory.php(220): Doctrine\Common\Proxy\ProxyGenerator->generateProxyClass(Object(Doctrine\ORM\Mapping\ClassMetadata), '/var/www/store....')
#2 /var/www/aaa.bbb.com/vendor/doctrine/common/lib/Doctrine/Common/Proxy/AbstractProxyFactory.php(119): Doctrine\Common\Proxy\AbstractProxyFactory->getProxyDefinition('Eccube\\Entity\\P...')" while reading response header from upstream, client: 60.97.62.5, server: aaa.bbb.com, request: "GET / HTTP/1.1", upstream: "fastcgi://unix:/var/run/php5-fpm.sock:", host: "aaa.bbb.com"

/index.php/migration にアクセスしてませんか？

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https://www.ec-cube.net/integrate/partner/partner.php?partner_id=690

はい。ブラウザでアクセスを
してみましたがそうではないのですね？

/install.php/migration
にアクセスしてみてください

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失礼しました混同していました

/install.php/migrationでアクセスすると

File not found.となります

元からないのですmigration のファイルもフォルダも
だからアップデートの方法記載ページ見て　？？？と思っていました

html の中にinstall.phpがありませんか？
なければ最新のものから取ってきておくといいと思います

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お世話になっております

最新3.0.8 から install.php を取得し設置

aaa.bbb.com/index.php/

でアクセスではなく aaa.bbb.com でアクセスする
ファイルにてインストールしたので下記エラーという理解で
よろしいでしょうか

2016/02/03 21:44:28 [error] 20791#0: *3627 FastCGI sent in stderr: "PHP message: PHP Warning: require(/var/www/aaa.bbb.com/../autoload.php): failed to open stream: No such file or directory in /var/www/aaa.bbb.com/install.php on line 29
PHP message: PHP Fatal error: require(): Failed opening required '/var/www/aaa.bbb.com/../autoload.php' (include_path='.:/usr/share/php:/usr/share/pear') in /var/www/aaa.bbb.com/install.php on line 29" while reading response header from upstream, client: 60.97.62.5, server: aaa.bbb.com, request: "GET /install.php/migration/ HTTP/1.1", upstream: "fastcgi://unix:/var/run/php5-fpm.sock:", host: "aaa.bbb.com"

エラーの内容がパスが間違っているという内容です
よくわかりませんけど
aaa.bbb.com/html/index.php/ でページが見れる状態になっていませんか？

index.phpと同じ階層においてください

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