[EC-CUBE]2.13.1、インストール済み
[レンタルサーバ] さくらVPS
[OS] 標準OS：CentOS release 6.7 (Final)
[PHP] PHP5.3.3
[データベース] PostgreSQL 8.4.20
[WEBサーバ] Apache/2.2.15-47.el6.centos.4
[ブラウザ] chrome 最新版

現象：
ペイパル エクスプレス チェックアウト 決済モジュール(2.11系・2.12系・2.13系)を
モジュール一覧からダウンロードすると失敗します。
ログ管理を見ると、コピー先に書き込み権限がありませんとなっています。


単純に、/home/hoge/www/data/downloads/module や 同/plugin の書き込み権限かとも
思いましたが、権限は問題なさそうです。同じ権限の backupやtmp 以下には、ダウンロード
ファイルやディレクトリも作成できています。

ほかにチェックすべき箇所は無いでしょうか？

○ログ管理
バックアップパス:/home/hoge/www/html/../data/downloads/backup/update_1459159851/
コピー先に書き込み権限がありません:
/mdl_paypal_express/LC_Page_Mdl_PaypalExpress_Config.php
コピー先に書き込み権限がありません:
/mdl_paypal_express/LC_Page_Mdl_PaypalExpress_Helper_Link.php
コピー先に書き込み権限がありません: /mdl_paypal_express/SC_Helper_Paypal.php
コピー先に書き込み権限がありません: /mdl_paypal_express/config.php
コピー先に書き込み権限がありません: /mdl_paypal_express/config.tpl
コピー先に書き込み権限がありません: /mdl_paypal_express/config_complete.tpl
・
・
・以下同じ

○書き込まれると想定しているディレクトリ
/home/hoge/www/data/downloads以下
drwxrwxrwx. 2 hoge hoge 4096 11月 18 17:34 2013 api
drwxrwxrwx. 23 hoge hoge 4096 3月 28 19:10 2016 backup
drwxrwxrwx. 3 hoge hoge 4096 3月 28 18:49 2016 module <--- この下には、該当ディレクトリはありません。
drwxrwxrwx. 18 hoge hoge 4096 3月 27 18:10 2016 plugin <--- この下には、該当ディレクトリはありません。
drwxrwxrwx. 25 hoge hoge 4096 3月 28 19:10 2016 tmp
drwxrwxrwx. 2 hoge hoge 4096 11月 18 17:34 2013 update

パラメータ設定画面を登録しなおせば、動くようになりました。
パラメータが読めず、事実上、ルートからのパスになっていた様です。