お世話になります。
自力で解決したのですが、情報を共有できればと思い、こちらに投稿いたします。

表題のとおりですが、商品が35〜40種類を超えた受注データを、管理画面から編集しようとすると、30種類目ぐらいから数量が0になる現象に遭遇しました。

原因は、編集画面からPOSTで送る変数の数が多すぎて、PHPで設定されているmax_input_varsの制限の1000個に引っかかっており、Shipping〜系のPOSTデータが途中からキレイさっぱり無くなっており、その影響で数量のみが更新されて0になっていたためです。

直接的にはEC-CUBEに関係のない問題ですが、まさか変数1000個のデフォルト値を超えてしまっているとは思わず、ドツボにハマってしまいました。

解決方法はphp.iniなどで
max_input_vars = 10000
ぐらいにすれば、とりあえず解決しました。

もし参考になれば幸いです。