EC-CUBE B2Bバージョン 1.0.0
EC-CUBEバージョン 2.13.2
PHPバージョン PHP 5.3.3
DBバージョン MySQL 5.1.73
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買い物カゴに複数商品（2つ以上の商品）を入れると、
送料も加算されてしまいます。

1ユーザーが複数商品を購入しても、
配送先が同じである場合には商品は1商品分しか発生させたくないので、
このエラーを修正したいです。
※送料は全国一律540円にしております。

とても困っていますので、どなたかご教示くださいませ。

PHPは以下となります。
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// 商品ごとの送料を加算
if (OPTION_PRODUCT_DELIV_FEE == 0) {
$cartItems = $this->getCartList($productTypeId);
foreach ($cartItems as $arrItem) {
$results['deliv_fee'] += $arrItem['productsClass']['deliv_fee'] * $arrItem['quantity'];
}
}

// 配送業者の送料を加算
if (OPTION_DELIV_FEE == 1
&& !SC_Utils_Ex::isBlank($deliv_pref)
&& !SC_Utils_Ex::isBlank($deliv_id)) {
$cartItems = $this->getCartList($productTypeId);
foreach ($cartItems as $arrItem) {
$results['deliv_fee'] += SC_Helper_Delivery_Ex::getDelivFee($deliv_pref, $deliv_id);
}
}

// 送料無料チェック
if ($this->isDelivFree($productTypeId)) {
$results['deliv_fee'] = 0;
}

// 合計を計算
$results['total'] = $results['subtotal'];
$results['total'] += $results['deliv_fee'];
$results['total'] += $charge;
$results['total'] -= $discount;

// お支払い合計
$results['payment_total'] = $results['total'] - $use_point * POINT_VALUE;

ご質問の件ですが、
>1ユーザーが複数商品を購入しても、
>配送先が同じである場合には商品は1商品分しか発生させたくない
とは、商品Aを1個カゴに入れてた場合も、10個入れた場合も
1個分の送料を計算したいという事でしょうか？

商品Aと商品Bがカゴに投入された場合は、
商品A(1個分) + 商品B(1個分)で送料が計算されるという条件で
よろしかったでしょうか？

上記の条件で良ければ、$arrItem['quantity']を1に置き換えてみては如何でしょうか？
常に1個で送料が計算されると思います。

$results['deliv_fee'] += $arrItem['productsClass']['deliv_fee'] * $arrItem['quantity'];

↓

$results['deliv_fee'] += $arrItem['productsClass']['deliv_fee'] * 1;