1.4と2.0の両方でサイトを運営しています。
アフィエイリトBを利用しており、
1.4の場合は、汎用性のあるアフィリエイトモジュールを利用し、アフィリエイトタグの埋め込みに成功しました。
<img src="http://track.affiliate-b.com/commit/*****/[[order_id]]/[[total]]" width=1 height=1>

2.0には、モジュールがA8.net用しかないと思われますが、商品購入完了報酬で、上記タグを埋め込むにはどこに埋めればよいでしょうか？
data/Smarty/templates/default/shopping/complete.tpl
に<img src="http://track.affiliate-b.com/commit/*****/[[order_id]]/[[total]]" width=1 height=1>を埋め込みましたが、うまく反映されませんでした。

タグ埋め込みするテンプレートはそれで良いと思います。
[[order_id]]や[[total]]に持たせたい値は、$tpl_aff_optionという変数に入っているので、その辺を上手くカスタマイズすれば良いのでは？
細かいカスタマイズについては、ご自分で勉強してくださいね。