EC-CUBEバージョン 1.3.4
PHPバージョン PHP 4.4.7
DBバージョン MySQL 4.1.21

拡張子htmlのページにオススメブロックを表示したい場合はどう設置したら最適でしょうか？

htmlは完全に独自で作成してしまったものです。
独自のphpでも良いのですが･･･

EC CUBEのショッピングサイトとは別に動かしたいようです。

どうかご指導よろしくお願いいたします。

htmlは無理です。
rewriteで見た目は変更可能です。

独自ページの作り方は
デザイン管理→ページ詳細設定で追加が可能です。
追加したページのレイアウト設定でブロックの追加が可能です。
また、ブロックを追加しなくてもソースを追加すれば大丈夫だと思います。（やってないのでわかりませんが）
私の場合は動的なものは入れないでhtml扱いでphpを表示してます。