会員登録の確認画面ですが、
会員登録最初のフォームがentry/index.php
になっているのに対し、
会員登録確認画面も同じくentry/index.phpになっています。

普通だとentry/confirm.phpになるのかと思うのですが
entry/confirm.phpは確認画面用には使われていないようです。
他にどこで使われているのでしょうか。

確認画面のデザインをいじろうと思って、entry/confirm.tpl
をいじってみたものの、反応しなかったので質問してみました。

とりあえずenter/confirm.phpというファイルは無いように思うのですが。
確認画面のPHPは入力画面と共通でindex.phpとなっています。
テンプレートは確認画面用はentry/confirm.tplで合ってる筈ですよ？
data/Smarty/templates_cフォルダにあるファイルを全部消してみて
再度確認してみるとかどうでしょうか。
(adminフォルダとかは消しちゃ駄目ですよ、念のため)