通常に管理画面上から新規登録として入力すると、問題ありませんが、CSVでアップロード後に、無制限にしたり、無制限を解除しても、フラグが残ったままになってしまっています。
商品の規格についての投稿を見ましたが、規格はいじっておりません。
しかし、関係があるかもしれません。規格があるときは、在庫が0〜無制限のような表示になりますが、当方は規格設定がないのに、そういう表示になります。
また商品マスター上ではCSVの方が優先されて、CSVで在庫0とすれば0と表示されますが、編集画面に入ると、CSVで入力する前の古いデータが反映され、ユーザー画面も古いデータが反映され、注文ができてしまいます。

同様の現象に遭遇しましたので調べてみたところ、
下記のチケットが上がっているようです。
ご参考まで。

http://svn.ec-cube.net/open_trac/ticket/1564