正確なEC-CUBEのVerが不明ですが、EC-CUBEのファイルを誤って削除したのであれば、基本的に動いていた状態の最新ファイル比較し、どのファイルに変更があったかを調べて、差分をマージすれば動作するかと思われます。
(一部ファイルが欠損した状態で、再インストールを実行しても動作する保証は何も有りません。)

またEC-CUBEに含まれる以外のファイルを削除し、動作しなくなったのであれば、そちらのファイルが何であったのか判明しない限り、対応は難しいかと思われます。

「Winmerge」
http://www.forest.impress.co.jp/lib/stdy/program/progsupt/winmerge.html
用途：差分を比較・マージ

EC-CUBEをインストール後,EC−CUBEを使用した際,
””>> /install/index.php は、インストール完了後にファイルを削除してください。””
というメッセージが出ていたのですが、間違ってサーバー内の違うファイルを削除してしまいました。
そのその後、EC-CUBEが使用できなくなってしまいました。
何とか使用できるようにと、WEBサイトの削除や追加、その他の情報を削除したり、作成したりと、いろいろ
試みましたが、EC-CUBEを使用できませんでした。
現在のドメインでEC−CUBEを構築できるようにしたいのですが、どうすればよいでしょうか。
EC-CUBEははじめから構築し直しでもかまいません。
また、再インストールしてもログインできませんでした、
再インストールしても結局同じドメイン、同じサーバーを使うのでログインできないのだと思います。
宜しくお願い致します。


EC-CUBE　：　2.12
レンタルサーバー　：　EXPRESSWEB
PHP : EXPRESSWEBに標準装備だと思います。