redさん、コメントありがとうございます。
返信が遅くなりすいません。

先の投稿にも記入したように、受注ステータスは「キャンセル」となっています。
ですがクレジットの決済は行われていて、受注メールも届いてました。
なのにEC-CUBEの管理画面の受注管理から受注情報が消えているという状況です。

決済処理中という受注ステータスになっていませんか？

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現在お客様が使用されてるEC-CUBE（バージョン2.13.3）で以下のような状況が発生しています。

・決済方法はペイジェントクレジット（ペイジェントオンラインでも決済済みを確認）
・受注メールは届いている。
・管理画面→受注管理で一時受注情報は表示されていた。
・商品管理に移った後、再度受注情報を見たら消えていた。

という現象が起きています。

環境は以下です。
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[EC-CUBE] 2.13.3
[レンタルサーバ] Xサーバー
[PHP] PHP 5.3.3
[データベース] 　MySQL 5.5.45
[WEBサーバ]　Apache
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現在DBより該当の受注情報のdel_flagを0に戻すことで管理画面に受注情報を復活させています。
ですが、対応状況を見ると「キャンセル」になっています。

ちなみに受注情報の日時は2016/04/21 07:21となっていたのですが、EC-CUBEのログ情報を見たら、2016/04/21 11:22:15 /index.php order cancel.(time expire) order_id=97 from xxx.xx.xx.xというログが残っていました。

受注メールは届くし、クレジットの決済も通っているけど、受注情報が消えログにはorder cancelというログが残っている。
これはどういうことなんでしょうか？