お世話になります。
昨日に続き、サーバー会社に問い合わせたんですが全くの音信不通で困っております。

SSHで｢vi /etc/php.ini｣と打ってみてみたのですが、｢safe_mode=off｣と表示されているということは、現状｢off｣状態であるということでしょうか？

当方の使用しているレンタルサーバではroot権限が与えられているので、与えられていない場合についてはよく分かりません。
vhost.confの設定内容も含めて、レンタル元にお問い合わせされた方が確実だと思います。
また、vhost.confはご自身で新規にファイルを作ることになります。
私自身がpleskを使うのは初めてのことで、他のレンタルサーバではどのようになっているのか分からないのですが、当方の使っているものではセーフモードの設定もコントロールパネルから可能です。
ドメインごとの設定の画面で、チェックボックスで指定できました。
pleskは思っていたより裏で細かく動いているようで、動作を理解するのに随分時間が掛かりました…。
今でも全然使いこなせていませんが（汗）

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＜開発環境＞
EC-CUBE：2.4.1
DBサーバ：PostgreSQL 8.3.5
PHP：5.1.6

four様、ありがとうございます。

｢UTF-8 TeraTerm Pro with TTSSH2｣をインストール後文字化けは解消されました。
私の使用していたツールがEUCだったため起こった現象でした。クライアントにツールも合わせないとだめなんですね・・・ｗ

次に、SSHでログイン後｢/var/www/vhosts/<my_domain>/subdomains/<subdomain_name>/conf/vhost.conf｣へアクセスしましたが、おっしゃるとおりrootでしかアクセスできないようですね。
サーバー会社でやっていただくしかないでしょうか？

また、safe_modeをoffにするコマンドは下記で大丈夫でしょうか？

<Directory /var/www/vhosts/<my_domain>/subdomains/<subdomain_name>/httpdocs>
<IfModule sapi_apache2.c>
php_admin_flag safe_mode off
php_admin_value open_basedir none
</IfModule>
<IfModule mod_php5.c>
php_admin_flag safe_mode off
php_admin_value open_basedir none
</IfModule>
</Directory>

当方が使用しているツールは「UTF-8 TeraTerm Pro with TTSSH2」です。
文字化けするのはviにて開いた時ですか？
設定ファイルはマルチバイト文字を含んでないと思うので、特に問題ないと思うのですが…。

以下は私の個人的なメモをコピペしておきます。
必要と思われる部分を参考にして下さい。

*******************

ドメイン固有のApache設定ディレクティブをWebサーバ設定ファイルにインクルードできます。
Pleskでは、各ドメインが別ファイル httpd.include にバーチャルホスト設定を格納しています。
Linuxシステムでは、このファイルはディレクトリ /var/www/vhosts/<domain-name>/conf/ にあります。
このファイルはバーチャルホスト設定が変更されると上書きされ、手動での変更は破棄されます。
Pleskによって挿入されたカスタムディレクトリを使用または再定義するには、
必要なディレクティブを使用して vhost.conf ファイルおよび/または vhost_ssl.conf ファイルを、
ドメイン向けには /path_to_vhosts/<domain-name>/conf/ ディレクトリ内、
サブドメイン向けには /path_to_vhosts/<domain-name>/subdomains/<subdomain-name>/conf/ ディレクトリ内に作成する必要があります。
ドメインの設定ファイルが生成される際にこれらのファイルが存在する場合、
Pleskは適切なIncrudeディレクティブをHTTPおよび/またはHTTPSバーチャルホストコンテキストにそれぞれ挿入します。
セキュリティ上の理由から、 vhost.conf および vhost_ssl.conf ファイルを作成できるのはrootのみです。

※上記はPLESKのヘルプの抜粋です。
※以下はメモです。

・vhost.confの保存（ドメイン＆サブドメイン）
ディレクトリディレクティブにて設定
<Directory /var/www/vhosts/<domain-name>/subdomains/www/httpdocs>
ここに設定を記載
</Directory>


・変更を有効にするコマンド実行
/usr/local/psa/admin/sbin/websrvmng --reconfigure-vhost --vhost-name=＜domain-name＞


・アパッチの再起動
service httpd restart



**********

php_admin_value open_basedir "/var/www/vhosts/<domain-name>/subdomains/www/httpdocs:/var/www/vhosts/<domain-name>/subdomains/www/data:/tmp"

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＜開発環境＞
EC-CUBE：2.4.1
DBサーバ：PostgreSQL 8.3.5
PHP：5.1.6

four様
ご返信ありがとうございます。

SSH接続等で修正しました。

とのことですが、当方WindowsなのでSSHでログオンするツールはありますでしょうか？
Tera term Proにttsshをいれたのですが、文字化けして理解に苦しんでました。
何かいいツールがあれば教えていただけませんか？よろしくお願いします。

同じような現象を経験しました。
私もPleskを使っていて、Pleskの動作が原因だったので参考までに。
Pleskがドメインの設定の際にopen_basedirを定義しており、デフォルトでは/tmpと、ドキュメントルートのみの設定でした。
ec-cubeでいうところの、htmlディレクトリはOKだったのですが、dataディレクトリが範囲外だったので読み込めなかったようです。
しかし、Pleskからはドメインごとのアパッチ設定ファイルは操作できないので、SSH接続等で修正しました。

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＜開発環境＞
EC-CUBE：2.4.1
DBサーバ：PostgreSQL 8.3.5
PHP：5.1.6

返信遅くなり、すみません。
サーバーは佐野通信商事です。

ひとつ気になったんですが、safe_modeをoffじゃないから上手く構築できないのでしょうか？
php.iniもいじれなく、safe_modeもPlesk上で変更できないので原因かと考えてるんですが、何か対策ないでしょうか？
よろしくお願いします。

レンタルサーバーはどちらになりますか？

レンタルサーバー会社に実装可能かどうか問い合わせした方が早いかもしれませんね。。

お世話になります。

MySQL の文字セット: UTF-8 Unicode (utf8)
と書いてありますので
MySQLクライアントの文字コードUTF-8で間違いないかと思います。

MySQL設定ファイルのMySQLクライアントの文字コードはわかりますか。。