お世話になっております。

以下で指摘されている、スマートフォンサイトにおけるXSS脆弱性を
修正しようとしております。

http://www.ec-cube.net/info/weakness/weakness.php?id=39

修正の為の差分ファイルを以下からダウンロードして、必要なファイルをサーバーに
アップロード・もしくはデザインテンプレートに設定したのですが、
その後、商品をカートに入れることができなくなってしまいます。
ログインボタンやその他のいくつかのボタンも動作していないようです。

http://svn.ec-cube.net/open_trac/ticket/1629

デザインテンプレートを修正前のものに戻すと、商品をカートに入れたり
ログインすることができます。

多少のカスタマイズは施していますが(ヘッダーのデザインや、
問い合わせフォームの項目追加等)、
それらが原因なのでしょうか…
商品をカートに入れることやログインに関係するようなカスタマイズは
行っていないと思うのですが…

何故このようになってしまうのかわからない状態です。

以下のような環境で作業しております。
アドバイスをいただけるとありがたいです。

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[EC-CUBE]2.11.4
[レンタルサーバ] ローカルテスト環境
[OS] Windows XP
[PHP] PHP 5.2.16
[データベース] PostgreSQL 9.0.3
[WEBサーバ] apache2
[ブラウザ] Safari(iPhoneエミュレータ)
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宜しくお願い致します。