サーバ移設についてご教授頂けないでしょうか。

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○移設元

サーバOS：Linux
EC-CUBE:2.11.5
PHPバージョン:PHP 5.1.6
DBバージョン:MySQL 5.1.36-community-log
WEBサーバ:Apache2.0
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○移設先

サーバOS：Linux
EC-CUBE:2.11.5
PHPバージョン:PHP 5.3.3
DBバージョン：MySQL 5.1.61
WEBサーバー:Apache2.0
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少し前にＷＥＢショップを開設しましたが諸事情により
サーバ移設の必要が発生したためサーバの引越しをしようと思います。

と言いましてもデータベース引越しでは無くカスタマイズを行っている
機能部分のみの引越しでデータは整理も兼ねて再登録します。

この場合カスタマイズされたファイルを上書きすれば良いのではと
勝手に予想しておりますがどうでしょうか。
但し、退社した前任者の残していた資料ではカスタマイズを行った
ファイルがどれなのかは一切不明です。

作業手順としては下記を考えております。

1、移設元、移設先のeccube、dataディレクトリ内を丸ごとバックアップ
2、移設元からテンプレートをダウンロード
3、移設元のdataディレクトリをFTPで移設先のdataディレクトリにそのまま上書き
　　↑ここが不安です、この作業で大丈夫でしょうか？
4、移設先でテンプレートの読み込み
5、デザイン上部分のデータのアップロード

補足
試しにチャレンジすれば良いのでしょうけれど、移設先としてＶＰＳを
申し込みしたため各サーバのインストールと設定だけでも時間を要して
しまいます。少しずつかもしれませんが学習しながら進めたいと考えて
おります。何卒よろしくお願い致します。