めーたんと申します。
いつも参考にさせて頂いております。現在eccube2.12.2で構築しております。
eコマースのトラッキンの設置方法を
http://blog.nakachi.me/2011/12/eccube-googleanalytics/
上記サイト様の方法で試しました。
しかし銀行振込と代引きで購入した際は正常にトラッキングされるのですが、イプシロン決済等を選択した場合は正常に動作していない状態で四苦八苦しております。

大変恐縮ですがどなたかご教授願えませんでしょうか？

イプシロン決済等（クレジット・コンビニ）での完了ページのソースは以下になります。

var _gaq = _gaq || [];
_gaq.push(['_setAccount', '*']);
_gaq.push(['_trackPageview']);
_gaq.push(['_addTrans',
'', // order ID - Required!!
'', // affiliation or store name
'', // total - Required!!
'', // tax
'', // shipping
'', // state or province
'', // city
'', // country
]);

// add item might be called for every item in the shopping cart
// where your ecommerce engine loops through each item in the cart and
// prints out _addItem for each

_gaq.push(['_trackTrans']); //submits transaction to the Analytics servers

(function() {
var ga = document.createElement(‘script’); ga.type = ‘text/javascript’; ga.async = true;
ga.src = (‘https:’ == document.location.protocol ? ‘https://ssl’ : ‘http://www’) + ‘.google-analytics.com/ga.js’;
var s = document.getElementsByTagName(‘script’)[0]; s.parentNode.insertBefore(ga, s);
})();

EC-CUBEバージョン 2.12.2
PHPバージョン PHP 5.3.3
DBバージョン MySQL 5.0.95