はじめまして、現在EC-CUBEの導入を考えており、
EC-CUBE2.0.0ベータ版 でテストを行おうとしているのですが、
インストール後の設定でつまづいております。

導入しようとしているレンタルサーバは siteserve2 です。

環境
EC-CUBE : 2.0.0 beta
OS : Linux CentOS 4.4
Apache : 2.0.59
PHP : 5.2.3
DB : MySQL 5.0.37-community-log

まず、Windows上 での解凍時に以下のエラーが出ます。
　× eccube-2.0.0-beta - 同じ名前のフォルダが存在するため、解凍できません。
　× eccube-2.0.0-beta\html - 同じ名前のフォルダが存在するため、解凍できません。
　× eccube-2.0.0-beta\html\campaign - 同じ名前のフォルダが存在するため、解凍できません。
これは、以下の記事を参考にeccube-2.0.0-beta/dataの中身を
eccube-2.0.0-beta/eccube-2.0.0-beta/dataに上書きコピーいたしました。

http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=thread&topic_id=1356&forum=4&post_id=4328#forumpost4328

siteserve2 での設置に関しては、
添付されているままの.htaccessファイルをアップロードすると siteserve2 では500番のサーバエラーが出ます。
サポートへ .htaccess へ明示的に記述する項目があるのか問い合わせました。
回答ではsiteserve2は特に .htaccess の設置に関しては制限（規制）等は設けていないが
記述に関してはサポートを行っていないので設置･動作確認は自分で行うよう回答を貰いました。
その時に教えていただいたurlを参考にトライアンドエラーを繰り返し、phpinfoで
.htaccessの内容が反映されているのを確認しました。

その後、マニュアルサイトのインストールの手順に従い一応インストールは出来ました。
インストール後、ログアウトするとログイン画面に戻るのですが、
再びログインしようとすると下記のようなエラーが出てログインできません。
----
http://www.hoge.com/eccube/html/admin/login.php

SERVER_ADDR:xxx.xxx.xxx.xxx
REMOTE_ADDR:xxx.xxx.xxx.xxx
USER_AGENT:Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ja; rv:1.8.1.9) Gecko/20071025 Firefox/2.0.0.9

UPDATE dtb_member SET login_date= ? WHERE member_id = 2
DB Error: unknown error

UPDATE dtb_member SET login_date= '2007-11-21 14:53:40' WHERE member_id = 2 [nativecode=1226 ** User 'xxxx' has exceeded the 'max_updates' resource (current value: 5000)]

/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/html/admin/login.php 33:LC_Page_Admin_Login_Ex->process
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class_extends/page_extends/admin/LC_Page_Admin_Login_Ex.php 56:LC_Page_Admin_Login->process
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class/pages/admin/LC_Page_Admin_Login.php 69:LC_Page_Admin_Login->fnCheckPassword
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class/pages/admin/LC_Page_Admin_Login.php 106:LC_Page_Admin_Login->fnSetLoginDate
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class/pages/admin/LC_Page_Admin_Login.php 142:SC_Query->update
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class/SC_Query.php 329:SC_DbConn->query
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/class/SC_DbConn.php 74:DB_common->query
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB/common.php 1162:DB_common->execute
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB/common.php 959:DB_mysql->simpleQuery
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB/mysql.php 324:DB_mysql->mysqlRaiseError
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB/mysql.php 894:DB_common->raiseError
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB/common.php 1853:PEAR->raiseError
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/PEAR.php 557:DB_Error->DB_Error
/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/data/module/DB.php 893:PEAR_Error->PEAR_Error
----

時間をしばらくおくとまたログイン出来るようになります。

また、商品管理画面から規格管理を選択すると下記のエラーが出ます。
----
Warning: require_once(/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/html/../data/class_extends/page_extends/admin/products/LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php) [function.require-once]: failed to open stream: No such file or directory in /users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/html/admin/products/class.php on line 26

Fatal error: require_once() [function.require]: Failed opening required '/users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/html/../data/class_extends/page_extends/admin/products/LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php' (include_path='.:') in /users/H/t/xxxx.com/docs/eccube/html/admin/products/class.php on line 26
----
これは/data/class_extends/page_extends/admin/products/以下にあるファイル
LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php000644 を ->
LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php に変更してエラーがなくなりました。
これはファイル名を修正してもよかったのでしょうか？

検索をかけたところ、他にもファイル名の最後に同じく000644の付くものが
以下の通りありましたが、これらはこのままで問題ないのでしょうか。
LC_Page_Admin_OwnersStore_Ex.php000644
LC_Page_Admin_Products_Class_Ex.php000644
Services_JSON_AssocArray_TestCase.html000644


siteserve2 での設置に関してはうまくいきましたら改めてスレッドを変えて
報告させていただきたいと思います。

プログラミング、データベースともまったく初めての経験です。
よろしくお願い致します。