いつもお世話になっております。

完成・公開したサイトが検索でインデックスされない問題についてです。
ホームページを完成させてから３週間以上経ちますが、検索に表示されないため困っています。

Googleマスターツールへの登録を行った際にも認証されず、
調べたところトップページのみ外部からのロボ?のアクセスが遮断されているようで例えばHTMLのチェックサイトにおいてもトップページのみ500 Server Errorとなります。

metaタグの挿入及びSEO管理プラグインの利用も既にしております。

ブラックリストへの登録記録などはわかる限り調べましたが特に該当しませんでした。
サーバー側によるなんらかの制限によって起こるものの可能性を考え問い合わせを致しましたが、アクセス制限などは行っていないとの回答でした。

.htaccess内はこのような表記でした。

# 基本は SC_Initial.php で設定するが、ini_setで反映されないものはここで設定する

php_value mbstring.language Japanese
php_flag mbstring.encoding_translation off
php_value output_handler none
php_flag magic_quotes_gpc off
php_flag session.auto_start 0

# INI_ALL なのにもかかわらず, ini_set で指定しても反映されない環境がある...
php_value mbstring.internal_encoding UTF-8

# デフォルトテンプレートの状態で 2M 近くになるため
php_value upload_max_filesize 5M
#php_value post_max_size 8M
php_flag register_globals off


EC CUBE上での検索の拒否設定やトップページのみ遮断される原因となるものがないかと思いこちらに投稿させて頂きました。
説明が不足しておりましたら申し訳ありませんが、必要情報があればすぐに書き込み致します。

アドバイスを頂けましたら幸いです。