[EC-CUBE] 2.3.4
[レンタルサーバ] コアサーバ
[OS] Linux s44 2.6.32.61-smp #1 SMP Wed Jul 10 20:34:58 JST 2013 i686
[PHP] PHP 5.3.28
[データベース] MySQL 5.1.73
[WEBサーバ] Apache

[現象]
新規商品登録時、商品カテゴリを右側のリストから選択出来て、
その後の確認画面でもきちんと登録カテゴリの表示が出るので、
そのままOKして登録を済ませるのですが

商品登録後、登録したはずのカテゴリ内に商品は登録されておらず

商品マスタから、商品の編集画面を開くと、登録したはずの商品カテゴリ名が消えています。

過去ログ検索やネット検索をして、
magic_quotes_gpc = off
と書いたphp.ini、php5.iniファイルを
htmlフォルダや、dataフォルダ、
/admin/basis/
/admin/contents/
/admin/design/
/admin/products/
フォルダ等に入れてみたのですが解決できませんでした。

またphpinfoを見てもmagic_quotes_gpcはOnになったままです。

登録自体はすんなりできるので、エラーコードなどは出てこず
ただ、ショップのカテゴリ内に登録したはずの商品が表示されず(事実上、新規商品登録が出来ず）困っています。

あと、色々と検索して、

<Files .htaccess>
order allow,deny
deny from all
</Files>

php_flag magic_quotes_gpc off

と書いた.htaccessファイルをdataフォルダに入れてみましたが問題は解決できていません。

またこのページ
http://www.u-ga.net/article.php/20080215170914692
の説明にあるLC_Page_Admin_Products_Product.phpについては
既に修正がされているバージョンのファイルでした。

ショップを初めて5年ほどですが
最近は新規商品の登録をしていなかったので、いつからこの現象が起きていたのかわかりません。
また、稼働中のサイトであり、商品数が多く、顧客数もそこそこあるので、
今からeccubeを新しくバージョンアップして、データに不具合が出るのは避けたいです。

お忙しいところを恐縮ですが、どなたかお知恵を拝借できませんでしょうか。
よろしくお願いいたします。