おそらく2.13からの機能だと思うのですが、
決済処理中スタータスの受注データのキャンセル処理の中で
同じ受注データの在庫戻し処理が2回行われ、
実在庫よりECサイトの在庫が多くなり、
売りすぎでしまう場合があるようです。

以下、site.logの抜粋です。
2014/07/19 23:09:35 [/frontparts/customize.php] order cancel.(time expire) order_id=3378 from ::1
2014/07/19 23:09:35 [/products/detail.php] order cancel.(time expire) order_id=3378 from ::1

処理自体は以下で行われています。
cancelPendingOrder
->checkDbAllPendingOrder
->cancelOrder

弊社運用中のサイトで1ヶ月で3件程度発生しています。
以下も同様な現象が発生する可能性があるかと思います。
checkDbMyPendignOrder
checkSessionPendingOrder

ご確認していただき、問題があるようでしたら
至急対応していただきたいです。

限定商品の販売などで、致命的な状況になりかねないです。

以下、弊社運用中のサイトの情報です。
　EC-CUBEバージョン 2.13.1
　PHPバージョン PHP 5.3.3
　DBバージョン PostgreSQL 9.3.4

よろしくお願いします。