EC-CUBE 3.0.9 から 3.0.10 へのマイグレーションで失敗します。
公式サイトの手順通りにマイグレーションを行い、完了画面が表示されるところを確認しましたが、EC-CUBEの管理画面でバージョンを確認すると3.0.9のままとなっています。
バージョンアップができない原因はなんでしょうか？
また、EC-CUBEのマイグレーションではエラーログなどは取得できないのでしょうか？

[環境]
レンタルサーバー さくら
サーバー FreeBSD 9.1-RELEASE-p24
DBサーバー MySQL 5.5.38-log
WEBサーバー Apache/2.2.31
PHP 5.6.22

なお、マイグレーションのプラグイン確認画面および完了画面において次のWarningが発生していました。
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Warning: ini_set(): A session is active. You cannot change the session module's ini settings at this time in /home/branchcoffee/eccube-3.0.10/vendor/symfony/http-foundation/Session/Storage/Handler/NativeFileSessionHandler.php on line 56