文章能力が乏しくて申し訳ないのですが、
現象だけをご説明しますと、

基本情報管理の「ポイント設定」の「ポイント付与率」
と
商品登録時に設定した「ポイント付与率」
に違いがあると
その違いのある商品を
全額ポイント利用の上購入すると
「ご入力内容のご確認」ページの「今回加算されるポイント」が
０ポイントになりません。

※全額でなく一部ポイントを使用しても計算がおかしいです。


実際の流れはこれです。

◆1.3.2を新規インストール
◆基本情報管理の「ポイント設定」にて「ポイント付与率」を10%に設定
◆新規に商品を売価5000円「ポイント付与率」20%で追加
◆新規会員登録の上、売価5000円「ポイント付与率」20%の商品１個を
　全額ポイントを使用し購入すると・・・・
　※現象確認のため、管理ページから5000ポイントをあらかじめ付与

「今回加算されるポイント」が500ポイントになります。
本来は、0ポイントのはずです。

今度は、全額ではなく一部ポイント利用すると・・・
ポイント利用なし／決済額5000円→1000ポイント付与（問題なし）
500ポイント使用／決済額4500円→950ポイント付与
1000ポイント使用／決済額4000円→900ポイント付与
2000ポイント使用／決済額3000円→800ポイント付与
3000ポイント使用／決済額2000円→700ポイント付与
4000ポイント使用／決済額1000円→600ポイント付与

ポイント付与率をいろいろ変更して試していませんが、
どうやら、
ポイント利用なし購入時に本来付与されるべきポイント数から
ポイント利用分の10%が差し引かれたポイントが付与される様です。

基本情報管理の「ポイント設定」の「ポイント付与率」
と
商品登録時に設定した「ポイント付与率」
を同じ数値にすると問題は無いようです。

どなたか、同様の現象の方はいらっしゃいませんか？

EC-CUBEバージョン1.3.2
PHPバージョン PHP 4.4.2
DBバージョン PostgreSQL 7.3.13
※管理ページから行える範囲の修正／設定変更しかしておりません。