お世話になっております。

■ 疑問点・問題点
オリジナルのテンプレートを作成しようとデフォルトのテンプレートをダウンロード、別テンプレートとしてアップロードして管理画面上にてテンプレートのカスタマイズを繰り返していました。

そのような中、管理画面の[デザイン管理] -> [PC] -> [テンプレート設定]の[ダウンロード]リンクから、現在カスタマイズ中のテンプレートをダウンロードし、一部修正後再度アップロードしたところ、管理画面上でカスタマイズを行っていた箇所が綺麗さっぱり消えていることに気が付きました。

管理画面上で行ったカスタマイズがダウンロードしたデータに反映されていないようですが、仕様でしょうか。


■ 調べたこと
すべてを調べたわけではありませんが、どうやら反映されないのは一部のみのようです。
例えばトップページテンプレートのコメント部分に適当な文字を入力、テンプレートをダウンロードしデータを確認したところコメント部分の修正は反映されていました。

しかしcontents.cssのコメント部分に同様の修正を行っても、ダウンロードしたデータへは反映されていませんでした（修正前のまま）。

また、ブロック要素のレイアウトもダウンロードしたデータへ反映されていないようです。 update_bloc.sqlを見るとブロック要素の配置が記録されているように思えるのですが、管理画面上で行ったブロック要素のレイアウト変更は再アップロードした時点で初期状態へ戻ってしまいます。


■ 環境
EC-CUBEバージョン: 2.11.1
PHPバージョン: 5.3.6
APCバージョン: 3.1.9
MySQLバージョン: 5.0.92-log
Webサーバ: Apache/2.2.19
※不足している情報がありましたら申し訳ございません。


私の環境の問題なのか、それとも仕様なのか、またはバグなのか、判断できません。
どなたかご存知の方はいらっしゃいますでしょうか。

宜しくお願い致します。