ソースを追いかけてみました。

掲題のポイントが不足する件については、EC-CUBEの仕様のようです。

要は、使用したポイントでの減額分は、加算ポイントに反映しないように計算を行っているようです。

例では、「おなべ」に10％のポイントが付きましたが、基本情報のポイント設定では、付与率を1％としていたため、使用ポイントの1％分（100ポイント使用した場合は1ポイント）が減じられるため、1,650円相当のポイント165Ptから、1ポイント引いた164Ptと表示されました。

上記現象は私の勘違いでした。
申し訳ございません。


ただし、パラメータ設定の「1ポイント当たりの値段(円)」は考慮されていないように見受けられます。

つまり、1ポイント2円で還元する場合、100ポイント使用したら2ポイントマイナスされる必要があるのではないでしょうか？

ご検討いただきますよう、お願いいたします。