いつもこちらのサイトには大変お世話になっております。
EC-CUBEへは移行を予定しているのですが、１つ問題があり、こちらに投稿させて頂いた次第です。
問題となり、手詰まっているのはJavascriptが動作をしていないということです。

../html/user_date/packages/default/js フォルダへjsファイルを入れ
../data/Smarty/templates/default/site_frame.tpl に記述したのですが、反応がなく困っております。

また、試しにjsファイルを全て削除してアップロードしてみるとweb上ではデザインの崩れや異常もなく何も変化無し！
初期のjsファイルは使用されていないためかもしれませんが、その場合Javascriptを動作させる為にどういう対応が必要でしょうか？
何か確認した方が良い点などでも構いませんので、ご指摘頂ければ幸いです。

初心者のため至らない文章ではございますがどうぞ宜しくお願いします。

【追記】
[EC-CUBE] 2.11.4
[OS] Mac X
[PHP] 5.2.4-2ubuntu5.14
[データベース] PostgreSQL 8.3.12

何か他にも記述が必要であれば、追加してきますのでどうぞ宜しくお願い致します。