例えば送料や手数料に関するオプションなら、DBを弄らなくても良いと思いますが、
商品属性や商品付属オプションを追加したいのなら、DBも弄る必要があるでしょうね。

流れとしては仰る通りで良いと思います。
DBに項目を追加して、フォームに対応する入力欄をつくり、それがセッションやDBに保存されるようにし、
カートの中ページや購入内容確認ページ・メールテンプレート・MYページ・管理画面の受注内容確認ページ等に
表示されるようにする、という感じでしょうか、たぶん。
必要に応じて、スマホ・モバイル対応ですね。

ちなみに商品規格の使用は検討済みですか？
商品規格で済む場合もあると思いますよ。