注文完了時のメールは、一通のメールでお客と管理者に送られます。
to: お客
bcc: 管理者

ということで、正常に動作している様に見えますが。。。

受注内容は、「受注管理」「対応状況管理」に「新規受付」として、いませんか？

小生も、初めてeccubeを動かした時に、ぱっと見「？」となったので、管理者宛に「控え」の文字を入れて分けたのですが、過去のスレッドにある様に、2通に分けると、片方の不達の事象があるとの事で、分けない方が良いようです。