blocのカテゴリをクリックし、list.phpを呼び出した時の動作ですが、

1.カテゴリIDに基づいて、そのカテゴリとそのカテゴリの子カテゴリに属する商品の数をカウントするSQL文を発行
2.その数を基にして総ページ数を割り出し、表示するページのリストを取得するSQL文を発行

の２回のSQL発行が行われており、１回目の総数のカウントがそれなりの時間
かかる印象を受けています。
また、デフォルトの状態では商品の画像データは全て同一のディレクトリにアップされる為
商品点数が8000点になるとリスト用、詳細用、（もしあれば）拡大用の３点＊8000で
24000ファイルが同一のディレクトリに置かれる事になります。
Windowsのファイル管理システムだと24000ものファイル数が同一ディレクトリに
存在していると目的のファイルを見つけるまでにそれなりの時間が掛かるのではないかと思います。
(もしかしたら最新のNTFSとかではかなり改善されているのかもしれませんが、昔のファイルシステムだとそうでした)

個人的な実験では、まず第１のDBの問題についてはMySQLではなくPostgreSQL8.2以降で
動作させるとWindowsではかなりの動作速度改善効果を確認しています。
Linuxで動作させるとMySQLとPostgreSQLでの動作速度にあまり差は無かったのですが、
Windowsでは明らかにPostgreSQLの方が速かったです。
また、第２の問題については私は画像をアップするシステムを少し変更し、
画像を置く場所をディレクトリ指定出来るようにしてディレクトリ内ファイル数を
増やしすぎないように配慮してみました。

DBを使うアプリがEC-CUBEだけではないという事で、システムの変更は簡単には行かないだろうとは
思いますが、参考までに。
というか、キャッシュやバッファなどを弄って早くなったのであればサーバーを独立させる事も
視野に入れなければならないのではないかとも思いますが。