サポートに確認したところ、リソースに影響が出る可能性があると言われましたが、
skip-innodbをコメントアウトし、MySQLを再起動させて再度インストールを実行してみたのですが、
やはり500（Internal Server Error）でダメでした｡｡｡

エラーログを見てみると、頻繁に↓

PHP Fatal error: Call to undefined function spl_autoload_register() in /home/xxxx/www/xxxx/ec/data/app_initial.php on line 44

や

File does not exist: /home/xxxx/www/xxxx/favicon.ico

と記載されていました。
インストールができたと仰るnakamulaさんと連絡を取りたいのですが、pm送信するとエラーがでて送られないみたいです。

皆様のおかげで光が見えたのですが･･･
サーバーの対応を待った方が良いのでしょうか。
宜しくお願いいたします。