自己レスですが、メール配信の件名だけが文字化けについては、admin/order/mail.phpの88行目
$objPage->tpl_subject = $objSendMail->subject;
を
$objPage->tpl_subject = mb_decode_mimeheader($objSendMail->subject );
とデコードすることで解決しました。
同様の件でお困りの方のご参考になれば幸いです。

ただし、送信されてくるメール件名そのものの文字化けは解決していません。

こちらは、ウェブメールでは正常表示しているのでEC-CUBEだけの問題ではないような気もするのですが・・・

なお、この掲示板でよく引用されているチェックでは下記の通り正常表示になっています。

string(8) "Japanese"
string(4) "美乳"
string(34) "=?ISO-2022-JP?B?GyRCSH5GfRsoQg==?="
string(34) "=?ISO-2022-JP?B?GyRCSH5GfRsoQg==?="
string(34) "=?ISO-2022-JP?B?GyRCSH5GfRsoQg==?="
string(34) "=?ISO-2022-JP?B?GyRCSH5GfRsoQg==?="
string(27) "mbstring.language: Japanese"
string(34) "mbstring.internal_encoding: EUC-JP"
string(27) "mbstring.http_input: EUC-JP"
string(28) "mbstring.http_output: EUC-JP"
string(32) "mbstring.encoding_translation: 1"

何かご指摘いただければ助かります。
宜しくお願いします。