再び自己レスです。

やはりXREA・CORESERVER特有の現象のようです。
下記を参考にして解決しました。

http://miniturbo.org/memo/2007/06/07/173627/#comment-570

件名の改行がらみの症状のようでしたので私の場合は、
data/class/GC_SendMail.phpの
$this->subject = mb_encode_mimeheader($subject);
を
$this->subject = mb_encode_mimeheader($subject,"ISO-2022-JP", "B", "\n");
とすることでクリアできました。

お騒がせしましたが、同様の症状でお困りの方はご参考になさってください。