【途中経過です】

「data/class/SC_ClassAutoloader.php」のクラスパスを設定している関数「function autoload」の中で、以下の2つのみフルパスが設定されていませんでした。

・Net/UserAgent/Mobile.php
・MDB2.php

DUMPで調べましたところ、上記2つのみ、elseの処理(62行目)を通っており、$classpathに何もセットされていなかったので、
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$classpath = '';
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↓
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$classpath = DATA_REALDIR.'module/';
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このように変更してみました。

その結果、

・/usr/home/xxxxxxxx/html/data/module/Net/UserAgent/Mobile/MDB2.php
・/usr/home/xxxxxxxx/html/data/module/MDB2.php

とフルパスの取得ができましたが、別のDBエラーが発生しました。

最後のエラーは、
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Fatal error(E_USER_ERROR): DB処理でエラーが発生しました。
SQL: [SET SESSION storage_engine = InnoDB]
MDB2 Error: syntax error
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引き続き調査します。