環境は、2.12.1で確認しました。
再現手順は、以下です。

・会員にて、商品を２個カートに入れる
・お届け先の指定画面にて、「複数のお届け先に送る」クリック
・お届け先の複数指定画面にて、お届け先二箇所に、商品１個ずつ設定
・ご入力内容のご確認画面まで進んだら、カート画面に戻る
・再度、お届け先の複数指定画面まで進み、お届け先一箇所に、商品を２個設定
→その次の、お支払方法・お届け時間等の指定画面の、「お届け時間の指定」が
　お届け先が一箇所なのに、二つ表示される。
　またご入力内容のご確認画面で、送料が二箇所分になっている。

以下でも再現できます。

・会員にて、商品を１個カートに入れる
・お届け先の指定画面にて、「複数のお届け先に送る」クリック
・お届け先の複数指定画面にて、任意のお届け先を選択し次へ進む
・カート画面に戻り、お届け先の複数指定画面まで進めて、先ほどとは違う住所を選択

現段階で分かっていることは、
・「複数のお届け先に送る」で、複数お届け先を選んだ場合は正常
・一箇所に送る場合は、お届け先の指定画面で「複数のお届け先に送る」をクリックせず進むと正常

つまり、「複数のお届け先に送る」を選択して、一箇所に送る場合に不具合があるようです。
非会員でも再現しました。

実際にこういう使われ方をしないかもしれませんが、送料計算がおかしくなるのは問題だと思います。


解決方法について、検討しました。(まだ解決はしていませんが・・)
以下の関数が絡んでいるのではと思っています。
(それとis_multiple？)
$objPurchase->getShippingTemp

私の方で試したのは、SC_CartSessionとSC_Helper_Purchaseの中の、isMultiple関数を必ずtrueを返すように修正しましたら、
なんとなく正常に動いていそうです。
ただ良い修正方法ではないと思いますし、その他ではどういう修正が良いかは分かっていません。

もし解決方法があれば、すみませんが教えていただけますと幸いです。

[追記]
下記のフォーラムも拝見しました。おそらく根本の原因は同じかと思われます。
ちなみに以下でも解決方法が探せませんでした。
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=11136&forum=8