ご返信ありがとうございます。

>data/class/SC_CartSession.php の calculate() 関数のカスタマイズでできると思いますよ
もう少し詳細をご教授お願いできますでしょうか？

calculate() 関数では、カートの内容を計算しているようですが、
コメントを見る限り以下の処理を行っております。
*************************
?商品ごとの送料を加算
?配送業者の送料を加算
?送料無料チェック
?合計を計算
?お支払い合計
?加算ポイントの計算
*************************

今回のカスタマイズでは、「お支払い方法」が代金引換、かつ
商品IDが特定の場合、手数料を0にするという処理を追加しなくてはならないと思っております。
?と?の間にIF文を追加すればよいのでしょうか。

また、初めてEC-CUBEを使用しているため、詳細にソースで頂けますと幸いです。

それか、カスタマイズが難しいようでしたら運用でカバー致しますので、アドバイス頂けますと幸いです。