管理側の読込部分については解決しました。
marugizmo様、回答頂きありがとうございます。

各画面のphpファイルで
　　require_once("../require.php");
されていて、その先で読込処理が実行されていました。

参考サイト：http://wiki.ec-orange2.jp/index.php?%E3%82%BD%E3%83%BC%E3%82%B9%E8%AA%AD%E3%81%BF%E3%81%82%E3%82%8B%E8%A8%98%2F2.3%2Findex.php

ただ分からないのが、require.phpは「html/」と「html/admin/」の2か所にあって、管理画面は「html/admin/」を読み込むのが正解ではないかと思うのですが画面によって
「html/require.php」
を読んだり
「html/admin/require.php」
を読んだりしています。

今、乗せ換えを検討しているサイトは他社がカスタマイズしたものを引き継いでいるため詳細が分かりませんが、EC-CUBEの初期設定では管理側では全て「html/admin/require.php」を読み込むようになっているのでしょうか？
または画面により読み分けるのが正解なのでしょうか。

もしお分かりの方がいらっしゃいましたらお願い致します。