状況的にmbstring周りの挙動が怪しそうに見えますが、初期では文字化けせず、その後に追加されたファイルだけ文字化けというのは少々不可解ですね・・。

確かhetemlはmbstring関係のPHPプログラムからの指定が十分に効かなかった環境だった記憶が・・・

管理画面＞システム設定＞システム情報
の最初の部分の環境情報と、
その下のPHP情報内のmbstringに関する部分の設定情報が分かると何かしら分かるかもしれません。
mbstring.internal_encodingやmbstring.func_overload等の設定値の部分です。

恐らくPHP側のアップデートのタイミングで、何かしらのPHP設定が変わったりしたのかもしれないです（設定値追加が影響かもしれない？）。

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