困っているのは分かりますが、冷静に状況を整理しないと色々困難です。

まずは下記をご一読頂いて環境などの情報を提示しないと何も分かりません。
http://xoops.ec-cube.net/modules/tinyd0/index.php?id=8

バックアップとは具体的にどういう事をしたのでしょうか？
EC-CUBEの管理画面にあるバックアップの画面を利用された場合、注意書きされているように、データベースのバックアップでありテンプレートファイル等のデザインに関するバックアップとは全く異なります。

デザインテンプレートのバックアップに相当する機能は、テンプレートのダウンロードという形で可能ですが、こちらを利用する場合は商品データなどに直接影響が出ることは無いと思います。

恐らく状況的にテンプレートは関係無いと書かれているデータベースのバックアップを使っているのでは無いかと思われますが、その場合はいつバックアップして何からどうやってリストアしたのか等、固有の事で汎用的な面は少なく、ここでは解決するのは難しいと思います。

状況を冷静に把握し、本来の意味でのバックアップの有無確認や、状態の問題確認、その他各種トラブル対応が必要で、正解の手順などは無いと思います。

本当に失ったデータを回復することは難しいと思いますが、途中のバックアップを何かしら取っているのであれば部分的または全体を回復させる道がゼロとは限りません。
冷静に確認して対処するか、詳しい技術者等に相談するのが良いと思います。

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