削除してしまった当初はec-cube管理画面にもアクセスできなかったのですが、
それはアクセスできるようになり、dtb_customer以外のデータベースは何の問題もなく使うことができているので、
恐らくどこかのdtb_customer関連の箇所のパスの指定の問題ではないかと思うのですが、もしその仮定が正しいとすれば、
どのあたりが考えられるでしょうか？

素人質問ばかりで申し訳ありません。

追記

data/class/db/dbfactory/SC_DB_DBFactory_MYSQL.php
などを弄っていたら、どうやら修正できたみたいです。
お騒がせいたしました。皆様、どうもありがとうございます。