どなたかご教授いただけると幸いです。

【環境】
EC-CUBEバージョン：2.12.1
PHP：5.1.6
DB：MySQL 5.0.95

ご注文受付メールについて質問させてください。
基本的には自動的に配信が行われているのですが、
お客様から「届いていない」とご連絡をいただくことが時々あります。
確認したところ、どうやら100件中3件程度は御注文受付メールが
届いていないようなのです。
※EC CUBEの管理画面の注文詳細を確認したところ、配信の記録は
残っておりました。
※お客様に問い合わせたところ、迷惑メールには入っていないそうです。

メールが届いていないとご連絡のあったお客様の注文内容にも類似事項はないようなので、サーバやネットワーク側で何かあったのかなという気もしているのですが、確証はありません。

同様の現象を経験されたことのある方や、何かわかることがありましたらご教授いただけると助かります。

よろしくお願いいたします。