[EC-CUBE]2.13.3
[レンタルサーバー]heteml
[データベース]MySQL 5.6.13-log
[php]5.4.27
[WEBサーバ]5.4.27
[カスタマイズ]なし
[プラグイン]ネクストエンジン連携（すごいネット在庫連携）

お世話になります。
注文受付メールが、注文者に2通届く(管理者には通常通り1通)現象が発生しています。
全注文だけではなく、1注文だけでした。（他は問題なく、1回だけしか発生してません）
重複注文になっておらず、メールだけ2通送信されています。

受注管理画面よりメールの履歴をみたところ
こちらも履歴として2通送信となっていました。
データベースにも1秒差で記録されております。
2016-01-29 21:58:06.000000
2016-01-29 21:58:05.000000

ボタン重複やブラウザ更新
サーバーレスポンスが遅くて再送？された
PEAR::Mailの問題？排他制御がない？
等々考えましたが、原因は不明です。

発生したことある、もしくは、解決方法をご存じの方、いらっしゃいますでしょうか？