私も、古いバージョンのSMBC決済モジュールで、同様の問題を経験しました。

再現させる手順としては

(1) クレジットカード情報の入力画面に進む。
(2) 別ウィンドウで、そのECサイト内のページを開く。(TOPページでも、商品詳細ページでも何でも良い)
(3) 元のウィンドウにて、クレジットカード情報の入力を行い、購入完了。

という流れで発現しました。

上記の(2)の時点で、受注情報がステータス=キャンセル、削除フラグ=有効に変更されてしまい、(3)にて、注文完了してしまうと、その状態のままEC-CUBE側に異常な受注が登録されます。

決済自体は正常に行われており、EC-CUBE側のステータスと削除フラグの状態がおかしいだけなので、該当の受注IDのステータスと削除フラグをDBを直接修正して対応しています。
(手動でやると面倒なので、バッチ処理で自動化しました。)

ざっと確認しただけなので不正確かもしれませんが、最新のバージョン(2.1.1)では、
(3)の段階で「不正なページ移動です。」となり、決済フローを進めなくするよう修正されているようです。

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