こちら側で変更して実行させているデータでは自動でdtb_orderに入っているので動作していないのであれば他になんらかの挙動がおかしいんでしょう。
他にどのようなカスタムをやっているかもわからないし、どのECCUBEでやっているかどうかも知らないので

>dtb_order_tempの中身をdtb_orderに手動で移せってことですか？
動かないのであればそちら側で調べるしかないんじゃないでしょうか？
それともこちら側でどのECCUBEのバージョンでも動作するような形で想像して、そのバージョン毎に対応するソースをすべて書けということですか？