基本情報管理＞配送方法設定で編集を行われておりますでしょうか？
編集の場合は、データベースのdtb_delivfeeに増やした項目を追加する必要がございます。

update文で更新しているので対象のデータがないと更新されません。
新規登録だとinsert文で登録するため変更は必要はないと思います。

以下はLC_Page_Admin_Basis_DeliveryInput.php:lfRegistDataの一部です。

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// 配送料の登録
if (INPUT_DELIV_FEE) {
for ($cnt = 1; $cnt <= DELIVFEE_MAX; $cnt++) {
$keyname = 'fee'.$cnt;
if (strcmp($arrRet[$keyname], '') != 0) {
$sqlval = array('fee' => $arrRet[$keyname]);
$objQuery->update('dtb_delivfee', $sqlval, 'deliv_id = ? AND fee_id = ?', array($deliv_id, $cnt));
}
}
}
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