同様にポイント機能をなくした状態のカスタマイズを行いましたplus5と申します。

＞「全商品ポイント0にして、画面のカスタマイズを行え」
商品と顧客登録時のポイントを０にし、tplファイルで該当部分をコメントアウトしました。
全部で10数ファイルで、PGM経験があれば、半日で修正できる範囲だと思います。

＞（絶対あとで必要になると思うのですが……）
との事ですので、設定用のフラグを持たせて、tplファイルでは、onの時は元のまま、offの時は何も書かないとすれば、後で必要になったときは、フラグをonにして商品と新規会員登録時のポイントをつければよいだけとなります。もっと良い方法があるかもしれませんが、弊社はそうしました。

うちも新参ものなので、お互い頑張りましょう〜